Eine Gruppe von Soldaten, Wissenschaftlern und Zivilisten, die von Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) und Colonel Everett Young (Louis Ferreira) angeführt wird und auf einer Basis auf einem anderen Planeten stationiert ist, wird angegriffen und überrannt. Bei ihrer Flucht gelangen sie an Bord des fremden Raumschiffes „Destiny“. Dieses wurde vor sehr langer Zeit von einer außerirdischen, aber menschenähnlichen Rasse, den Antikern, gebaut. Die Destiny ist zurzeit ein unbemanntes Forschungsschiff, das immer noch einen alten einprogrammierten Auftrag erfüllt und auf einem festen Kurs den Weltraum erkundet. Die Menschen sitzen auf dem Raumschiff fest, denn die Flugroute lässt sich aufgrund der alten Programmierung nicht verändern. Ihre Reise führt in unerforschte Regionen des Weltraums, die außerhalb der aus den bisherigen Serien bekannten Galaxien liegen. Verlassen können sie das Raumschiff nur während der einprogrammierten Zwischenstopps. Sie können weder durch das Stargate noch mit dem Schiff selbst auf die Erde zurückkehren. Nur die Kommunikation mit der Erde ist über eine spezielle Antiker-Technologie möglich.
Die Serie endet nach vierzig Folgen mit dem Start der Destiny zu einem dreijährigen Flug in die nächste Galaxie. Hierzu begibt sich die gesamte Besatzung der Destiny, bis auf Eli, in Stasiskapseln, da die letzte Kapsel nicht funktionstüchtig ist und von Eli repariert werden könnte. Man sieht Eli in die Sterne sehen und die Serie endet mit einem Cliffhanger. (Text:wikipedia)